南昌航空大学在二本专业中，以下几个专业被认为是最好的：
机械设计制造及其自动化专业：
该专业在南昌航空大学二本专业中属于王牌专业，就业率较高，并且与航空领域紧密相关，适合对机械设计感兴趣的学子。
自动化专业：
自动化专业在南昌航空大学二本专业中也是一个王牌专业，就业前景广阔，且与航空、航天等领域有密切联系。
焊接技术与工程：
该专业在南昌航空大学二本专业中表现突出，就业率高，且与航空制造紧密相关。
飞行器设计与工程：
该专业是南昌航空大学的特色专业之一，成立于2003年，拥有专任教师21人，其中高级职称教师占比较高，并且其中17人拥有博士学位。
材料成型及控制工程：
该专业在南昌航空大学二本专业中属于王牌专业，且为江西省重点建设专业，就业前景广阔。
环境科学与工程：
该专业在南昌航空大学二本专业中也是一个王牌专业，且为江西省重点建设专业。
航空宇航科学与技术：
该专业在南昌航空大学二本专业中属于王牌专业，且为江西省重点建设专业。
仪器科学与技术：
该专业在南昌航空大学二本专业中也是一个王牌专业，且为江西省重点建设专业。
建议根据个人兴趣和职业规划，选择最合适的专业。如果对航空领域有浓厚兴趣，机械设计制造及其自动化、焊接技术与工程、飞行器设计与工程等专业都是不错的选择。如果希望从事自动化相关的工作，自动化专业也是一个很好的选择。