江西最好的二本软件大学包括：
华东交通大学 软件类专业：
理科第二批本科，2023年分数为512分，全国排名第178位。
东华理工大学
软件类专业： 理科第二批本科，2023年分数为497分，全国排名第190位。 中外合作办学
赣南师范大学
虽然没有明确提到软件工程，但其推荐专业包括马克思主义理论、教育学、社会学等，且赣南师范大学在师范教育方面具有较高的声誉和实力。
建议：
华东交通大学和 东华理工大学的软件类专业在江西省内及全国范围内都有较高的排名和认可度，是江西省最好的二本软件大学。
赣南师范大学虽然以师范教育为主，但其整体实力较强，也值得考虑。
根据以上信息，如果主要关注软件工程专业，华东交通大学和东华理工大学是较为理想的选择。