马云创立的大学是 湖畔大学，现已改名为浙江湖畔创业研学中心。湖畔大学是由柳传志、马云、冯仑、郭广昌、史玉柱、沈国军、钱颖一、蔡洪滨、邵晓锋等九名企业家和著名学者共同发起创办的组织。
湖畔大学创立于2015年，选址杭州市余杭区仓前镇，毗邻梦想小镇，整体占地面积约375亩，一期规划建设约60亩。它并不是传统意义上的全日制大学，而是一个群团性组织，旨在培养拥有新商业文明时代企业家精神的新一代企业家。湖畔大学的学员基本都是创业者，以坚持公益性和非营利性为目标。
此外，马云还创办了云谷学校，这是一所覆盖幼儿园、小学、初高中的15年制私立国际化的新学校，由阿里巴巴合伙人共同出资主办，马云担任“谷主”。