齐齐哈尔市目前仅有一所民办本科大学，即 齐齐哈尔工程学院。齐齐哈尔工程学院是经教育部批准升格为普通本科高校，定位于齐齐哈尔市的一所市属大学。学院始建于1991年，经历了多个发展阶段，包括齐齐哈尔第一机床厂职工机电学院、黑龙江东亚大学（自考助学）、齐齐哈尔职业学院等。2011年，学院正式升格为齐齐哈尔工程学院，成为齐齐哈尔市第一所市属大学。
齐齐哈尔工程学院以工学为主，同时适度发展管理学、医学、文学、艺术学等学科，是一所全日制民办本科院校。学院坚持公益性非营利办学原则，探索出“政校企合作、产学研融合”的办学模式，凸显了办学优势和特色，促进了学校的快速健康发展。
此外，齐齐哈尔市还有一所民办专科学校，即齐齐哈尔理工职业学院。齐齐哈尔理工职业学院是经黑龙江省政府批准、国家教育部备案的普通高等学校，前身为1981年建校的齐齐哈尔市职工建筑工程学院，具有38年高等职业教育的办学历史。