海军工程大学确实是一本院校。海军工程大学是在中央军委和海军党委领导下的高等军事工程技术院校，以工为主，工管结合，指技合一，文理兼容，具有鲜明海军特色的全国重点大学。它也是全军重点建设的五所综合大学之一和对外开放院校，军队“2110工程”重点建设院校之一，正军级编制。
海军工程大学在全国大多数省份按照普通类最前的招生批次进行招生，因此可以认为它是一本院校。此外，学校在不同省份的招生批次及各批次录取分数也显示它是一本院校。
综上所述，海军工程大学是一所一本院校，无论是从学校的级别、专业设置、教学质量还是招生批次等方面来看，都符合一本院校的标准。