中外二本合作的大学存在一些缺点，主要包括以下几点：
学费高昂
中外合作办学的大学学费通常较高，少则3-4万元，多则7-8万元，甚至有的学校学费在10万元以上。对于普通家庭来说，学费压力可能较大。
文化冲突
由于不同国家之间存在不同的价值观、教育理念和教学方法，合作办学中中外教师和学生可能会在教育理念、教学方法等方面产生摩擦和冲突。
国内就业声誉不足
中外合作办学的大学在全国的声誉不如常规的211高校，部分学校办校历史短，认可度不高，在就业市场上可能处于不利地位。
考研和保研困难
中外合作大学通常没有保研机会，学生若想考国内研究生，需要自学政治，相对较为困难。
学习压力大
普通授课时使用英语，学生需要付出额外努力去适应英语教学。
管理和服务水平有待提升
部分中外合作大学由于创办时间较短，在办学经验及学校管理上可能还有待加强。
综上所述，选择中外二本合作的大学虽然有一定的优势，如提升院校层级和出国留学便利，但高昂的学费、文化冲突、就业声誉不足、考研和保研困难等问题也不容忽视。学生在选择时应综合考虑自身经济状况、学习能力和职业规划，做出明智的选择。