在二本医科大学中，有几所医学院校因其医学实力、科研成果和教学质量而备受认可。以下是几所被广泛认为在二本院校中表现突出的医科大学：
哈尔滨医科大学：
在全国排名第51位，尤其在医学领域有着雄厚的实力。该校在临床医学、基础医学和药学等学科均处于国内领先地位，并且拥有多个进入ESI全球排名前1%的学科，其中临床医学更是进入了前1‰。
北京中医药大学：
全国排名第83位，作为中医药领域的顶尖院校之一，在中医学和中药学等学科方面历史悠久，学科实力强劲。
重庆医科大学：
全国排名第86位，是西南地区重要的医学教育基地，在临床医学、护理学、药学等领域具有较强的教学和科研能力。
温州医科大学：
在医药领域享有盛誉，尤其在眼科学和临床医学方面具有较强的学科优势。该校在全国医药类院校中排名第5，仅次于一些一本院校。
新疆医科大学：
虽然地理位置较偏远，但师资力量和教学质量很不错，学校面积大，保研率也很高，适合高考分数优势不大的学生报考。
宁夏医科大学：
在宁夏回族自治区内认可度很高，临床医学和口腔医学专业就业率不错，整体教学氛围也不错。
广东医科大学、 湖北医药学院、 山西医科大学、 山东第一医科大学、 西安医学院、 成都医学院、 湖北中医药大学、 滨州医学院、 广西医科大学、 陕西中医药大学、 新乡医学院等也是较好的二本医科大学。
综合以上信息，如果要在二本院校中选择最好的医科大学， 哈尔滨医科大学和 温州医科大学是较为突出的选择。哈尔滨医科大学在多个排名中均表现优异，尤其在医学实力和科研方面具有显著优势。温州医科大学在眼科学和临床医学方面具有明显优势，并且师资力量雄厚。
建议考生根据自身兴趣和职业规划，综合考虑学校的学科优势、地理位置、教学质量等因素，选择最适合自己的医科大学。