南京医科大学通常被认为是 一本大学。以下是支持这一结论的依据：
国家“双一流”建设高校：
南京医科大学是国家“双一流”建设高校，这一身份通常意味着学校在学术和研究方面具有较高水平。
首批教育部、国家卫生健康委与江苏省人民政府共建医学院校：
这一共建项目进一步提升了学校的地位和学术实力。
江苏高水平大学建设高峰计划A类建设高校：
南京医科大学在江苏省内的地位也非常高，被列为A类建设高校。
在全国各省的招生批次：
南京医科大学在全国各省的招生批次一般为本科一批，这表明学校在招生时被视为一本大学。
教育部门并没有划分一本和二本：
虽然教育部门没有正式划分一本和二本，但民间通常根据招生批次来称呼。南京医科大学在大多数省份是按照第一批次进行招生的，因此被视为一本大学。
综上所述，南京医科大学在学术实力、政府共建项目、招生批次等多个方面均表现出其作为一本大学的地位。因此，可以明确认为南京医科大学是一本大学。