南京大学作为一所顶尖学府，尽管有着诸多优势，但也存在一些缺点。以下是一些可能的缺点：
名气较小
南京大学的名气相对较小，仅限于江浙一带，这导致其招生生源可能不如一些顶尖的985高校。
部分专业较为冷门
由于南京大学在某些专业上的优势不如其他一些高校明显，这可能导致部分专业相对冷门，报考人数较少。
学术管理制度保守
在学术管理制度上，南京大学可能相对保守，这在一定程度上可能限制了学术创新和研究的自由度。
这些缺点虽然存在，但南京大学在学科实力、教师水平、科研效率以及校风等方面依然具有显著的优势，是一所值得报考的高等学府。建议学生在选择高校时，综合考虑自身的兴趣和发展方向，以及各个学校的综合情况。