大气专业最好的二本大学有以下几所：
南京信息工程大学：
简称“南信大”，位于南京江北新区，由江苏省人民政府、中华人民共和国教育部、中国气象局、国家海洋局共建，是国家首批世界一流学科建设高校、江苏高水平大学建设高校，中国高校行星科学联盟成员。
成都信息工程大学：
简称“成信大”，由中国气象局和四川省人民政府共建，入选中国首批“卓越工程师教育培养计划”、“2011计划”、“中西部高校基础能力建设工程”等，是四川省属重点大学。
南京大学：
在大气科学专业全国院校排行榜中排名1，大气科学专业的综合等级为A+。
兰州大学：
在大气科学专业全国院校排行榜中排名靠前。
北京大学：
在大气科学专业全国院校排行榜中排名靠前。
中山大学：
在大气科学专业全国院校排行榜中排名靠前。
中国海洋大学：
在大气科学专业全国院校排行榜中排名靠前。
复旦大学：
在大气科学专业全国院校排行榜中排名靠前。
中国科学技术大学：
在大气科学专业全国院校排行榜中排名靠前。
云南大学：
在大气科学专业全国院校排行榜中排名靠前。
这些大学在大气科学专业方面都有较高的教学水平和研究实力，建议根据个人兴趣、学术目标和地理位置等因素进行选择。