清华大学与北京协和医学院的关系是 联合办学。两校并未合并，而是采用“貌合神离”的合作模式。具体合作方式如下：
联合办学模式：
清华大学医学部同时悬挂北京协和医学院的招牌，协和医学院依旧保留独立建制。这种合作方式最初建立医学院时较为顺利，但随着时间的推移，清华大学逐渐感觉这种合作对综合实力的提升帮助有限。
合作历史：
2002年，清华大学与中国协和医科大学（即现在的北京协和医学院）开始合作，并决定把协和医学院改名为“清华大学北京协和医学院”。2006年，两校又签署协议，将中国协和医科大学更名为“北京协和医学院-清华大学医学部”，同时协和医学院保持独立法人单位。
教育资源整合：
虽然两校名义上是联合办学，但实际上各自独立运营。协和医学院的学生上课地点主要在协和，而清华大学医学院则独立进行教学和管理。两校在教育资源上有一定的整合，例如协和的临床八年制前两年半在清华读，后三年在协和医院实习。
独立法人地位：
尽管两校合作紧密，但北京协和医学院仍然是独立法人单位，拥有自己的隶属领导关系、资产关系和经费管理体制。
综上所述，清华大学与北京协和医学院的合作关系是一种形式上的联合，各自保持独立运营，但在教育资源上有一定的整合和共享。