南通启东地区的二本大学包括：
南通大学启东校区：
位于江苏省南通市启东市南海路1号，是本科二批高校，开设了包括管理类、工科类、文学类等不同类型的13个本科专业。
南通理工学院：
前身为紫琅职业技术学院，2014年升格为本科院校，以工学为主，多学科协调发展。
南通大学杏林学院：
本科层次独立学院，以启东校区为主体办学校园，设有44个本科专业，涵盖七大学科门类。
建议：
南通大学启东校区和 南通理工学院都是启东地区较为知名的二本大学，可以根据个人兴趣和专业需求进行选择。
南通大学杏林学院作为独立学院，依托南通大学的资源，也是一个不错的选择。