当前中国军队系统的医科大学排名如下：
海军军医大学（原第二军医大学）
综合指数：85.5
特点：国家“双一流”建设高校，军队研究生培养重点建设院校，设有多个优势学科，如烧伤科、心内科等。
中国人民解放军空军军医大学（原第四军医大学）
综合指数：84.4
特点：国家“双一流”建设高校，全军“卓越医生教育培养计划”试点高校，拥有三所附属医院，包括西京医院和唐都医院。
中国人民解放军陆军军医大学（原第三军医大学）
综合指数：83.0
特点：非211学院，但为军队2110项目的关键机构之一，设有高原军事医学等专业。
以上排名基于最近的信息更新，具体排名可能会根据不同的评价体系和标准有所变化。