二本大学中的三本专业，虽然被称为三本，但其毕业证是 本科文凭。这是因为无论是二本还是三本，它们都遵循国家教育主管部门规定的考生录取批次，并且毕业生都享受同等的毕业待遇。
具体来说，二本和三本的主要区别在于它们的录取分数线和学校的性质：
录取分数线：
一本通常是第一批录取的本科院校，分数线较高；二本为第二批录取，分数线次之；三本则是在二本之后录取，通常是民办院校和部分独立学院，分数线最低。
学校性质：
一本大学多为国家的重点大学，二本一般为省属高等学校，而三本多为部属或省属高等学校中的二级学院，通常是民办二级学院。
尽管存在这些区别，但二本和三本的毕业证书在样式和内容上应该是相同的，上面都会注明“本科”字样，而不会标明是一本、二本或三本。用人单位在招聘时，虽然可能会根据专业背景进行筛选，但毕业证作为学生毕业的正式凭证，其法律效力是相同的。
因此，无论是二本还是三本，其毕业证书都是本科文凭，具有相同的法律效力和社会认可度。建议学生在选择学校时，可以综合考虑自己的兴趣、专业发展以及学校的教学质量，而不必过分纠结于学校的批次标签。