南京的高质量一本和二本大学包括：
一本大学
南京大学：
由教育部和江苏省重点共建的全国重点研究型大学，属于一本大学。
东南大学：
全国重点大学，属于一本大学。
南京师范大学：
江苏省属重点大学，属于一本大学。
河海大学：
全国重点大学，属于一本大学。
南京理工大学：
全国重点大学，属于一本大学。
南京航空航天大学：
全国重点大学，属于一本大学。
南京农业大学：
全国重点大学，属于一本大学。
南京林业大学：
江苏省属重点大学，属于一本大学。
南京中医药大学：
教育部批准的普通高水平大学，属于一本大学。
中国药科大学：
教育部批准的普通高水平大学，属于一本大学。
南京医科大学：
江苏省属重点大学，属于一本大学。
南京邮电大学：
全国重点大学，属于一本大学。
南京工业大学：
江苏省属重点大学，属于一本大学。
南京财经大学：
江苏省属重点大学，属于一本大学。
南京信息工程大学：
全国重点大学，属于一本大学。
二本大学
南京工业大学：
江苏省属重点大学，有二本专业。
南京财经大学：
江苏省属重点大学，有二本专业。
南京林业大学：
江苏省属重点大学，有二本专业。
南京医科大学：
江苏省属重点大学，有二本专业。
南京中医药大学：
教育部批准的普通高水平大学，有二本专业。
南京邮电大学：
全国重点大学，有二本专业。
南京审计学院：
江苏省属重点大学，有二本专业。
江苏广播电视大学：
江苏省属重点大学，有二本专业。
江苏科技大学：
江苏省属重点大学，有二本专业。
南京工程学院：
江苏省属工科型二本院校，有二本专业。
金陵科技学院：
以理工科为主，有二本专业。
南京晓庄学院：
以师范教育为特色，有二本专业。
江苏警官学院：
江苏省属重点大学，有二本专业。
江苏第二师范学院：
江苏省属重点大学，有二本专业。
南京特殊教育师范学院：
江苏省属重点大学，有二本专业。
南京工业大学浦江学院：
依托南京工业大学的教育资源，有二本专业。
南京信息工程大学：
国家级示范性软件学院，有二本专业。
南京审计大学：
独特的审计专业使其在民办大学中独树一帜，有二本专业。
南京邮电大学（应用科学学院）：
依托南京邮电大学的教育资源，有二本专业。
建议：
一本大学：南京大学、东南大学、南京师范大学、河海大学、南京理工大学、南京航空航天大学、南京农业大学、南京林业大学、南京中医药大学、中国药科大学、南京医科大学、南京邮电大学、南京工业大学、南京财经大学、南京信息工程大学。
二本大学：南京工业大学、南京财经大学、南京林业大学、南京医科大学、南京中医药大学、南京邮电大学、南京审计学院、江苏广播电视大学、江苏科技大学、南京工程学院、金陵科技学院、南京晓庄学院、江苏警官学院、江苏第二师范学院、南京特殊教育师范学院、南京工业大学浦江学院、南京信息工程大学、南京审计大学、南京邮电大学（应用科学学院）。