大学既有一本又有二本的原因主要可以归纳为以下几点：
院校合并
原因：一本大学和专科院校或者实力较弱的二本院校合并，导致师资力量、教学资源等方面的差距。原来的一本院校专业依然会在一批次招生，而二本院校的专业的招生批次也会维持不变。
差距体现：一本专业的教师队伍可能学历层次更高、教学经验更丰富、科研实力更强；而二本专业的师资队伍相对较弱。在教学资源上，一本专业可能有更多的实验室、科研项目、学术交流等机会，而二本专业的资源相对较少。
专业热度与实力差距
原因：学校的专业有强弱、冷热之分。通常来说，学校的优势学科、专业，以及就业好的专业会在一本招生，而相对弱一些的、就业差一些的专业会放在二本招生。
差距体现：一本专业的录取分数线通常较高，学生的整体素质相对较高，学习氛围可能更浓厚；二本专业录取分数线较低，学生的学习基础和学习能力可能与一本专业的学生存在一定差距。在就业方面，一本专业的就业机会和就业质量往往优于二本专业。
主校区和分校区的差异
原因：有的高校分好几个校区，分校区远离主校区，新开设的校区分设的专业建设并不完善，整体的师资力量、硬件设备和资源都与主校区有一定的差距，因此家长和考生通常认为分校差一些，这种情况影响就业，所以在招生时会考虑降批次录取。
历史合并因素
原因：高校在发展过程中可能经历过合并，比如一本大学和专科院校合并，或者与实力相对较弱的二本院校合并。合并之后，各专业的办学基础不一致，原来实力较强的专业保持了较高的水平，继续在一本招生；而合并进来的学校的部分专业，可能在师资力量、教学资源等方面相对薄弱，就会被放在二本招生。
地域因素
原因：对于一些在不同地区招生的大学，可能会根据当地的教育资源和考生需求，在不同批次投放招生计划。例如，一所大学在本省可能以一本招生为主，但在其他教育资源相对丰富的省份，可能会将部分专业放在二本招生，以吸引更多的考生报考。
政策支持
原因：一些二本专业的院校，虽然处于二本招生，但若能够展现出一定的特色和优势，结合政策倾斜，也有机会逐步升级为一本。国家在教育层面的支持，通常会优先考虑那些符合地方经济发展、产业需求的专业，给予这些专业更多的资源和资金支持。
办学特色与定位
原因：部分大学有自己的特色专业和优势学科，这些专业通常在一本批次招生，以突出学校的办学特色和水平。学校也可能根据自身的定位，将不同专业划分到不同批次招生。比如，以研究型大学为定位的学校，可能会将重点发展的学术型专业放在一本招生，而将应用型专业放在二本招生。
综上所述，大学既有一本又有二本主要是由于院校合并、专业热度与实力差距、主校区和分校区的差异、历史合并因素、地域因素、政策支持和办学特色与定位等多种原因造成的。