南京最难考的大学排名如下：
南京大学- 教育部直属的综合性全国重点大学，211、985工程，国家双一流、世界一流大学A类建设高校。
东南大学- 教育部直属的副部级全国重点大学，著名的建筑老八校及原四大工学院之一，入选国家双一流、211、985工程。
南京理工大学- 隶属于中华人民共和国工业和信息化部的全国重点大学，前身是中国人民解放军军事工程学院炮兵工程系。
南京航空航天大学- 航空航天特色，工科为主，多学科协调发展。
河海大学- 以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的教育部直属全国重点大学。
南京师范大学- 历史悠久，是国家首批“211工程”重点建设高校，教学水平和师资条件优越。
南京医科大学- 医学专业较为突出。
南京邮电大学- 信息通信技术专业较强。
中国药科大学- 药学领域知名。
南京农业大学- 农业科学领域有较高声誉。
南京信息工程大学- 气象学专业在国内处于领先地位。
南京财经大学- 财经类专业较为突出。
南京工业大学- 工科为主，多学科协调发展。
请注意，考研难度受多种因素影响，包括专业、地域、学校层次等，以上排名仅供参考。