启东的民办大学是 南通大学杏林学院。南通大学杏林学院是经国家教育部批准成立的本科层次独立学院，其前身为南通医学院杏林学院。学院始建于1999年2月，2004年5月在原南通医学院、南通工学院和南通师范学院合并组建南通大学后，更名为南通大学杏林学院。
南通大学杏林学院以启东校区为主体办学校园，校区坐落于经济发达的江苏南通启东市高新技术产业园区，东临黄海，比邻上海，具有独特的区位优势。校园规划总面积近1200亩，以建设生态式、花园式、数字式、海景式校园为目标。学院医学类专业目前在崇川校区办学，崇川校区坐落于南通市崇川区。
南通大学杏林学院围绕经济社会发展需求培养各类应用型人才，现有全日制在校本科生11500余人，设有48个专业，涵盖经济学、文学、理学、工学、医学、管理学和艺术学等七大学科门类。