二本和三本大学的主要区别体现在以下几个方面：
批次不同
二本为第二批次录取的本科大学，三本为第三批次录取的本科大学。
办学性质和财政资助
二本高校主要是省属本科院校和普通公办本科院校，通常可以获得政府的财政资助，因此学费相对较低。
三本高校一般为独立学院和民办高校，不能获得政府的财政资助，学费较高。
社会认可度
由于二本高校以公办高校为主，社会认可度较高。
三本高校由于以民办性质为主，社会认可度相对较低。
教学资源和设施
二本高校通常拥有较为完善的教学设施和较强的师资力量。
三本高校的教学设施和师资力量相对较弱，校园规模较小，硬件设施可能不够完善。
毕业证书和学位证书
一本、二本、三本高校都是国家承认的本科教育，毕业证书和学位证书都是相同的，不标明几本，只表明是本科。
学费
一本和二本的学费相对较低，而三本的学费较高，尤其是独立学院和民办高校的学费。
招生对象
一本高校招生人数较少，竞争激烈，通常吸引了更多高分考生。
二本和三本高校招生人数较多，录取标准相对较低，但三本院校的竞争也较为激烈，尤其是独立学院和民办高校。
总的来说，二本和三本大学在办学层次、社会认可度、教学资源和设施、学费等方面存在明显的差异。虽然三本的毕业证书和学位证书与一二本相同，但由于其民办性质和相对较弱的办学实力，社会认可度较低，学费较高。考生在选择高校时，可以根据自己的兴趣、家庭经济条件和职业规划来综合考虑。