一本大学之所以会有本二线，主要原因可以归纳为以下几点：
院校合并：
一些原本是专科或者较差的二本院校与一本大学合并，导致合并后的院校在师资力量、教学资源等方面存在差距。因此，合并后的一些专业可能仍然按照原来的批次招生，而其他专业则可能被调整到不同的批次。
专业热度/实力差距：
学校内部的专业之间存在强弱和冷热之分。通常，学校的优势学科和热门专业会在一本批次招生，而相对较弱或就业前景较差的专业则可能被安排在二本批次招生。
校区差异：
有的大学拥有多个校区，其中分校区可能在地理位置、师资力量、硬件设施等方面与主校区存在差距，导致分校区开设的专业在招生时可能会被降批次处理。
招生策略：
一些一本大学为了吸引更多考生报考，可能会将部分非优势专业放在二本批次招生。
综上所述，一本大学有本二线主要是由于院校合并、专业热度和实力差距、校区差异以及招生策略等多种因素导致的。这种设置既有利于不同类型高校招生，也有利于增加考生的录取机会。