在武汉，三本大学中相对学费较低的学校包括：
华中科技大学武昌分校：
这所学校在三本独立学院里表现不错，学费也相对较低，一般在10000-15000元之间。
武汉工程大学：
这所学校在湖北的学费较便宜，一般专业学费在4300到6000元之间，多数在4000到5000元之间。
湖北工业大学：
虽然分数线差不多，但艺术设计专业最好，艺设是1本，其余都是2本，整体学费也在上述范围内。
湖北经济学院：
文科首选，金融、会计、国贸等专业较好，学费也在4000到5000元之间。
武汉工业学院：
在汉口，食品专业是强势专业，学费也在4000到5000元之间。
综合考虑，如果你更看重学校的专业优势，可以考虑华中科技大学武昌分校（文科或理科）、武汉工程大学（化工专业）、湖北工业大学（艺术设计专业）、湖北经济学院（金融、会计、国贸等专业）和武汉工业学院（食品专业）。这些学校在学费方面相对较为经济实惠，同时也有各自的专业优势。
建议：在选择三本大学时，除了考虑学费，还要综合考虑学校的地理位置、专业设置、师资力量以及个人职业规划等因素，以确保选择到最适合自己的学校。