在教育部第四轮学科评估中，南方科技大学的表现如下：
1. 基础医学：B+
2. 公共卫生与预防医学：B+
3. 中西医结合：B+
4. 生物医学工程：B
5. 临床医学：B
6. 药学：B
7. 护理学：B
8. 口腔医学：C-
9. 中药学：C-
此外，南方科技大学在2024年泰晤士高等教育世界大学排名中位列全球高校第183名，内地榜单第13位。在科睿唯安公司发布的ESI数据中，学校三个学科进入ESI全球前千分之一，分别为材料科学、化学、工程学，此外学校还有14个学科排名ESI全球前1%。在《2024年QS世界大学排行榜》上，南方科技大学排名世界高校第301位，进入了世界前350强。在《2023年U.S.News世界大学排行榜》上，排名世界高校第213位，进入了世界前220强。在《2024年泰晤士高等教育中国学科评级》中，共有5个学科被评估为A+类学科，有14个学科被评估为A类学科，有3个学科被评估为A-类学科，共有22个学科成为A类学科。此外，南方科技大学还有4个学科，被评估为B类学科，B类以上学科达到了26个。其中，机械工程、材料科学与工程、环境科学与工程等3个工科专业，被评估为A+类学科。