新疆南疆地区的二本大学包括以下几所：
伊犁师范大学：
位于新疆伊犁，公办性质。
喀什大学：
位于新疆喀什，公办性质。
新疆工程学院：
位于新疆乌鲁木齐，公办性质。
新疆第二医学院：
位于新疆，公办性质。
昌吉学院：
位于新疆昌吉，公办性质。
新疆警察学院：
位于新疆，公办性质。
新疆政法学院：
位于新疆，公办性质。
新疆理工学院：
位于新疆，公办性质。
新疆科技学院：
位于新疆，公办性质。
塔里木大学：
位于新疆阿拉尔，公办性质。
新疆财经大学：
位于新疆乌鲁木齐，公办性质。
新疆艺术学院：
位于新疆乌鲁木齐，公办性质。
这些大学在新疆南疆地区提供二本层次的教育，涵盖了师范、医学、工程、农业、财经、艺术等多个学科领域。建议考生根据自身兴趣和专业需求，选择合适的大学进行报考。