截至2024年，日本最好的大学在世界排名中的情况如下：
东京大学：
在2025年QS世界大学排名中，东京大学位居第32位。在2025年U.S.News世界大学排名中，东京大学位居第84位。
京都大学：
在2025年QS世界大学排名中，京都大学位居第50位。在2025年U.S.News世界大学排名中，京都大学位居第168位。
东京工业大学：
在2025年QS世界大学排名中，东京工业大学位居第84位。在2025年U.S.News世界大学排名中，东京工业大学位居第195位。
大阪大学：
在2025年QS世界大学排名中，大阪大学位居第86位。
东北大学：
在2025年QS世界大学排名中，东北大学位居第107位。在2025年U.S.News世界大学排名中，东北大学位居第311位。
名古屋大学：
在2025年QS世界大学排名中，名古屋大学位居第152位。在2025年U.S.News世界大学排名中，名古屋大学位居第367位。
九州大学：
在2025年QS世界大学排名中，九州大学位居第167位。在2025年U.S.News世界大学排名中，九州大学位居第357位。
北海道大学：
在2025年QS世界大学排名中，北海道大学位居第173位。
早稻田大学：
在2025年QS世界大学排名中，早稻田大学位居第181位。
庆应义塾大学：
在2025年QS世界大学排名中，庆应义塾大学位居第188位。
筑波大学：
在2025年THE世界大学排名中，筑波大学位居第377位。
神户大学：
在2025年U.S.News世界大学排名中，神户大学位居第465位。
广岛大学：
在2025年U.S.News世界大学排名中，广岛大学位居第474位。
这些排名综合了多个排名机构的数据，因此排名结果可能会有所不同。建议在选择留学或研究合作时，可以综合考虑各个排名机构的评价。