在新疆地区，电气工程及其自动化专业的二本大学中，排名较好的学校包括：
新疆大学
新疆大学是211双一流高校，其电气工程专业也相当不错。虽然离家较远，但作为一所重点大学，新疆大学在电气工程领域的教学水平和研究实力都是值得认可的。
华中科技大学
华中科技大学位于湖北省武汉市，虽然是一所省外高校，但在新疆招生电气工程及其自动化专业的分数较高，排名较好。
建议：
如果考虑在新疆本地就读，新疆大学是首选，不仅因为它是211双一流高校，而且在电气工程领域有较高的教学和研究水平。
如果希望获得更多机会和地域优势，可以考虑华中科技大学，尽管它位于湖北省，但在新疆的录取分数线可能相对较高。
请根据个人情况和职业规划，综合考虑这些因素，选择最适合自己的大学。