一本大学之所以会有本科二批，主要原因可以归纳为以下几点：
院校合并
原因：一本大学与专科或实力较弱的二本院校合并，导致专业实力之间存在差距。原来的一本院校专业依然会在一批次招生，而合并进来的二本院校专业则会在二本批次招生。
专业热度与实力差距
原因：学校的专业有强弱、冷热之分。优势学科、专业及就业好的专业通常放在一本招生，而相对弱一些、就业差一些的专业会放在二本招生。
主校区和分校区的差异
原因：有些高校有多个校区，分校区远离主校区，新开设的校区分设的专业建设并不完善，整体师资力量、硬件设备和资源都与主校区有一定差距，因此家长和考生通常认为分校区差一些，这种情况影响就业，所以在招生时会考虑降批次录取，导致人们认为的二本招生。
招生策略和地域差异
原因：高校面对不同的省市招生，可能会导致有批次之分。由于各个省市的考生人数不同，有的省份招不满计划的人数，而有的省份名额却不够，因此会出现同一所大学在不同省市的招生批次不同的情况。
综上所述，一本大学有本科二批主要是由于院校合并、专业实力与热度差异、主校区与分校区的差异以及招生策略和地域差异等因素所致。这种分批次招生方式既有利于不同类型高校招生，也有利于增加考生的录取机会。