日本的大学排名较低的原因可以归纳为以下几点：
学术研究环境：
日本大学的学术研究环境可能不如一些国际顶尖大学，特别是在创造研究环境和培养学生及年轻研究人员方面，可能存在资金和财政上的差距。
国际化程度：
日本大学普遍国际化程度不够，国际教师和国际学生占比较低，这影响了其在国际排名中的表现。
论文引用数：
排名指标中的“论文被引用数”是日本大学的一个弱点，因为日本大学的论文多使用日语撰写，而国际通用的是英文，这导致其在国际学术界的可见度和影响力受限。
教育理念和体制：
日本大学的教育理念和体制可能较为保守，这可能影响了其在国际排名中的位置。
经济和政策因素：
日本经济近年来的不景气以及政府对大学投入的减少，也可能影响了日本大学的研究能力和排名。
评价标准偏差：
排名标准可能不完全适合日本的教育体系，导致日本大学在某些方面表现不如预期。
尽管如此，值得注意的是，排名并不是衡量大学全部价值的唯一标准，它只能提供一个参考。日本大学在科研、教育质量和某些专业领域依然具有很高的国际声誉和竞争力