东京大学排名下降的原因可以归纳为以下几点：
研究能力下降：
日本大学在创造研究环境、培养学生和优秀年轻研究人员方面与海外大学存在资金和财政上的差距，这种差距逐年扩大。
国际化程度不足：
日本国内大学相对缺乏外国留学生、外籍教师以及提供外语授课的课程，导致在国际性领域的评分较低。
评价标准变化：
某些排名机构在评价标准上做了调整，比如降低了论文被引用次数的评分，这可能影响了日本大学的排名。
市场化改革影响：
日本高等教育机构的某些市场化改革可能对大学的全球声誉和排名产生了负面影响。
预算削减：
有分析指出，东京大学排名下降可能与削减预算有关。
科研产出下降：
例如，东京大学的ESI高被引论文数量下降，这反映了科研产出的减少，进而影响了排名。
高被引科学家数量减少：
在Clarivate的2023年度高被引科学家榜单中，日本大学的表现也不如往年，这也是排名下降的一个标志。
以上因素综合作用导致了东京大学排名的下滑。