南京大学确实是一本重点大学。它不仅是教育部直属、中央直管副部级建制的综合性全国重点大学，还是国家首批“双一流”、“211工程”、“985工程”高校，并且入选了“珠峰计划”、“111计划”、“2011计划”、“卓越计划”等多个重要项目。此外，南京大学也是国内顶尖高校九校联盟的成员之一。
南京大学在全国各省的招生中，通常被归类为本科一批，这意味着它是一本高校。南京大学在学科建设、科研成果等方面也表现卓越，是中国乃至世界上知名的高等学府之一。
因此，无论是从官方认定还是社会认可的角度来看，南京大学都是一本重点大学。