南通大学在二本批次的专业中，以下几个专业被认为是较好的选择：
临床医学：
临床医学专业推荐指数高，投档线为578分，是南通大学最好的专业之一。
土木工程：
土木工程也是南通大学的强项，具有较高的知名度和影响力。
机械工程：
机械工程在全国具有较高知名度和影响力，是南通大学的王牌专业之一。
电气工程及其自动化：
该专业投档线为557分，是南通大学的王牌专业之一。
计算机科学与技术：
计算机科学与技术专业在南通大学也有一定的竞争力。
教育学：
教育学在师范类专业中具有较高的知名度和影响力，毕业生就业前景较好。
国际经济与贸易：
经济学是南通大学的重点学科之一，在江苏省内排名前列，毕业生就业率较高。
化学工程与工艺：
该专业在全国排名第50位，是南通大学的重要学科之一，具有较好的实习和就业机会。
建议根据个人兴趣和职业规划，选择以上专业进行填报。同时，建议关注学校最新的专业排名和招生信息，以获取最准确的指导。