截至2024年，复旦大学下辖 至少30个直属院系。这些学院包括：
1. 复旦学院
2. 中国语言文学系
3. 外国语言文学学院
4. 历史学系
5. 文物与博物馆学系
6. 旅游学系
7. 哲学学院
8. 法学院
9. 国际关系与公共事务学院
10. 社会发展与公共政策学院
11. 新闻学院
12. 经济学院
13. 国际金融学院
14. 马克思主义学院
15. 国际文化交流学院
16. 数学科学学院
17. 物理学系
18. 现代物理研究所/核科学与技术系
19. 化学与材料学院
20. 化学系
21. 高分子科学系
22. 环境科学与工程系
23. 大气与海洋科学系
24. 信息科学与工程学院
25. 计算机科学技术学院
26. 软件学院
27. 微电子学院
28. 航空航天系
29. 材料科学系
30. 力学与工程科学系
31. 生命科学学院
32. 上海医学院
33. 公共卫生学院
34. 药学院
35. 护理学院
36. 国际艺术教育中心
37. 体育教学部
38. 继续教育学院
39. 分析测试中心
40. 实验动物科学部
41. 出土文献与古文字研究中心
42. 高等教育研究所
43. 古籍整理研究所
44. 国际问题研究院
45. 科技考古研究院
46. 六次产业研究院
47. 马克思主义研究院
48. 全球公共政策研究院
49. 社会科学高等研究院
50. 文史研究院
51. 现代语言学研究院
52. 一带一路及全球治理研究院
53. 中国历史地理研究所
54. 中国研究院
55. 大气科学研究院
56. 大数据试验场研究院
这些学院涵盖了人文学科、社会科学、自然科学以及医学等多个领域，体现了复旦大学作为一所综合性研究型大学的全面性和多样性。