学校占用周末时间上课通常是不合法的。根据教育部的相关规定，学生享有休息和假期的权利，学校不得随意占用学生的周末时间进行上课或其他活动。
具体处理方式包括：
确认合规性：
首先确认学校的安排是否已获得教育主管部门的批准，并符合相关教育法规。
沟通协商：
学校应与学生及家长充分沟通，解释占用周末时间的原因和目的，听取各方意见，寻求共识。
合理安排：
如确需占用周末时间，应确保课程内容合理、教学质量不受影响，并尽量减少对学生休息和课外活动的干扰。
投诉与调解：
若学生或家长对学校的安排有异议，可向学校提出书面投诉，并要求学校给予合理解释和解决方案。若协商无果，可向教育主管部门投诉，并请求其介入调解。
法律途径：
在极端情况下，如学校的行为严重侵犯了学生的合法权益，学生或家长可通过法律途径维护自身权益，包括提起行政诉讼等。
因此，建议学生或家长首先与学校沟通，了解占用周末时间的具体原因和安排，并提出异议。如果学校未能给出合理解答或拒绝改正，可以向当地教育主管部门投诉，寻求进一步帮助和解决方案。