在南方的医科大学排名榜中，南方医科大学、南京医科大学和首都医科大学位列前三。具体排名如下：
南方医科大学
排名：第一名
简介：南方医科大学，首批“部委省”共建医科高校，前身为中国人民解放军第一军医大学，目前是广东省高水平大学重点建设高校中唯一的医学院校。学校拥有2个博士专业学位授权类别，10个博士学位授权一级学科。临床医学入围ESI全球前0.5‰。南方医科大学的附属医院实力雄厚，三级甲等医院就有11所。
南京医科大学
排名：第二名
简介：南京医科大学是江苏高等医学教育的“龙头”，在医学教育改革和“新医科”建设方面具有重要地位。学校在多个学科领域具有优势，特别是在临床医学、公共卫生和药学。毕业生就业前景广阔，特别是在医疗卫生领域，有较高的就业机会。
首都医科大学
排名：第三名
简介：首都医科大学前身是北京第二医学院，2001年由多所医学院校合并组建而成，实力相当雄厚。临床医学学科进入ESI全球前1%排名，拥有22所临床医学院，其中20所为附属医院。
此外，其他在南方地区有较高声誉的医科大学还包括：
北京协和医学院
广州医科大学
暨南大学
广东医科大学
这些排名综合了不同评价机构和年份的数据，因此排名可能会有所不同。建议在选择医科大学时，可以综合考虑学校的教学质量、学科优势、临床实践机会以及毕业生就业情况等多个因素。