南京的二本医药类大学包括：
南京医科大学：
南京医科大学创建于1934年，时名江苏省立医政学院，1993年更名为南京医科大学。是江苏省属重点建设高校，教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校，国家“双一流”建设高校。
南京中医药大学：
南京中医药大学始建于1954年，是中国建校最早的高等中医药院校之一，是江苏省重点建设高校，国家“双一流”世界一流学科建设高校，国家“特色重点学科项目”建设高校。
中国药科大学：
中国药科大学位于江苏省南京市，是中华人民共和国教育部直属的一所以药学为特色的全国重点大学，是国家“211工程”、“985工程优势学科创新平台”重点建设高校之一，是“111计划”、“卓越工程师教育培养计划”入选高校。
江苏卫生健康职业学院：
江苏卫生健康职业学院是一所公办医药类高职院校，提供临床医学、护理、药学等专业。
建议：
南京医科大学和 东南大学医学院在医学领域具有较高的声誉和学术实力，是二本院校中的佼佼者。
南京中医药大学在中医药领域具有传统优势，也是一所值得考虑的医学院校。
中国药科大学在药学领域具有很高的声誉，是医药类学生的优选之一。