海南大学排名较低的原因主要有以下几点：
多学科实力不强：
在教育部学科评估中，海南大学进入B类的学科数量较少，学科涉及的门类覆盖也不够全面。与一些同类院校相比，如新疆大学，海南大学在学科实力上存在明显差距。
生源质量不够好：
海南大学虽然是211院校，但在软科排名中，无论是综合排名还是学生生源指数，都落后于一些双非院校，如三峡大学。
地理位置不佳：
海南大学位于海南海口市，经济发展相对滞后，教育资源有限，这使得学校在吸引高分学子和获取发展资源方面处于不利地位。
知名度和认可度较低：
海南大学虽然在省内是最好大学，但在全国的知名度和认可度不高，这也影响了其在各种大学排名中的表现。
区域限制：
海南大学的王牌专业主要集中在作物类和水产类，属于区域性大学，因此在排名上通常较低。
综合以上几点，海南大学排名较低的原因是多方面的，包括学科实力、生源质量、地理位置、知名度和区域经济等多方面因素。为了提升排名，海南大学需要在学科建设、人才培养、地理位置等方面进行改进和突破。