南京的二本医学专业大学包括：
南京卫生高等职业技术学校：
虽然是一所职业技术学校，但在临床医学教育方面表现不错。
南京中医药大学：
在中医药领域具有传统优势，是江苏省高水平大学建设高校，也是国家教育部、国家中医药管理局与江苏省人民政府共建的“世界一流学科”建设高校。
南京医科大学：
简称南医大，创建于1934年，是江苏省属重点建设高校，省部共建高校，教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校。公共卫生与预防医学、基础医学、临床医学、口腔医学、护理学、药学等专业实力强劲。
东南大学医学院：
在医学领域具有较高的声誉和学术实力。
建议：
南京医科大学和 东南大学医学院在医学领域具有较高的声誉和学术实力，是二本院校中的佼佼者。
南京中医药大学在中医药领域具有传统优势，也是一所值得考虑的医学院校。
南京卫生高等职业技术学校虽然是一所职业技术学校，但在临床医学教育方面也有不错的表现。