深圳大学之所以被认定为二本，主要原因如下：
地方性质和政策照顾：
深圳大学位于深圳经济特区，为了照顾深圳本地学生，学校会预留一部分招生名额给本地学生，以增加他们读大学的机会。这种地方照顾政策使得深圳大学在广东省的招生中主要被列为二本。
历史和定位问题：
深圳大学在建立初期定位较高，但由于国家教育部和广东省的支持不足，加上深圳本地学生的需求，最终定位为二本招生为主。尽管有消息称未来可能会逐步取消二本，全部升为一本，但目前为止，深圳大学仍然以二本招生为主。
招生名额分配：
深圳大学在招生时会考虑到本地学生的需求，因此在外省招生时，分数线通常会高于一本线，以确保录取到足够数量的优秀学生。而在广东省内，由于有地方照顾政策，分数线相对较低。
专业设置和细分：
深圳大学的专业设置较为细致，分为多个专业组，这种细分使得学校在招生时能够更精准地选拔学生，同时也可能导致某些专业的录取分数线较高，从而整体提升学校的录取分数线。
综上所述，深圳大学被认定为二本主要是由于其地方性质和政策照顾、历史和定位问题、招生名额分配以及专业设置和细分等多方面因素共同作用的结果。