日本大学排名靠后的原因主要包括：
规模较小：
日本大学的师生人数相对较少，导致每年发表的论文数量不足。
国际化不足：
日本大学的国际教师和国际学生比例较低，影响了其国际化程度。
语言障碍：
日本大学的授课语言主要是日语，而英语是国际上通用的学术语言，这限制了国际学生和教授的参与。
研究经费不足：
日本经济不景气，政府对大学的投入减少，影响了科研活动的开展。
评价标准：
一些国际排名规则可能不完全适合日本的教育体系，例如过于偏重理科论文的引用次数。
教育理念和体制的保守性：
日本大学的教育理念和体制可能较为保守，缺乏国际化水平。
就业环境：
就业环境也可能影响排名，因为一些排名系统会考虑学生的就业情况。
特定排名机构的评价标准变更：
例如《泰晤士报高等教育》在排名中变更了评价标准，可能对日本大学的排名产生了影响。
这些因素综合作用，导致日本大学在国际排名中普遍处于较低的位置。