三本大学招生困难的原因主要有以下几点：
学校性质和声誉问题：
三本院校主要是民办学校，教学质量难以保证，且由于成立时间较短，没有形成完整的教学体系和人才培养模式，缺乏特色专业，导致其社会声誉较差。
社会认知和分数线问题：
在“唯分数论英雄”的时代，许多考生和家长认为三本院校的分数线较低，反映了学校的实力较弱，因此对这些学校持保留态度。
经济压力：
三本院校的学费普遍较高，对于普通家庭来说是一笔不小的负担。一些家庭在面临国内三本院校和国外大学的选择时，可能更倾向于后者。
人口结构变化：
随着出生人口持续下降，高考报名人数逐年减少，而高校扩招导致教育设施扩充，三本院校和民办高校在招生中首当其冲。
教育资源分配不均：
一些三本院校和民办高校在教学和管理方面存在不足，导致毕业生质量不高，签约率低，进一步影响学校的声誉和招生。
降分补录措施：
面对招生困难，许多省市的招生办采取降分补录的措施，但这会给高等教育带来潜在的危机。
综上所述，三本大学招生困难的原因是多方面的，包括学校性质和声誉、社会认知、经济压力、人口结构变化以及教育资源分配不均。为了改善这一状况，三本院校需要提升教学质量，加强特色专业的建设，提高管理水平，同时降低学费，以吸引更多考生报考。