綦江区拥有多所高等教育机构，其中包括：
重庆交通大学：
以工科为主，特色为交通科学技术，在桥梁工程、港口航道与海岸工程等领域享有较高声誉。
重庆外语外事学院（綦江校区）：
全日制民办普通本科高等学校，前身为四川外语学院重庆南方翻译学院。
重庆理工大学（花溪校区）：
溯源于1940年，经过多次更名和发展，现为全日制普通本科高校。
中央民族大学綦江校区：
提供多个学科的本科和研究生课程。
西南政法大学綦江校区：
在法学领域具有较高声誉。
重庆工商大学綦江学院、 长江师范学院綦江校区等多所教育机构。
綦江区还在积极引进新的高等教育资源，例如重庆电讯职业学院綦江校区、重庆德国埃森大学、重庆健康工程职业学院、重庆电影职业学院等。