重庆大学作为我国教育部直属的985高校，在重庆市内具有很高的地位和影响力，但在全国的排名却有所下滑。以下是可能导致重庆大学排名不高的几个原因：
办学经费不足
尽管重庆大学是教育部直属高校，可以获得教育部的拨款，但重庆市的财政支持可能不足以大规模支持学校的发展。
专业发展不均
有观点认为重庆大学过于依赖传统工科，没有在新工科领域进行探索，同时缺乏医学院，未能及时合并相关医学院，这可能影响了学校整体的竞争力。
生源质量问题
重庆大学的招生策略可能过于注重提高整体招生分数线，将冷热门专业混合在一起，这可能导致学生被分配到不喜欢的专业，生源质量因此下降。
地域和排名落差
重庆大学虽然是直辖市内的唯一985高校，但在与其他地方985高校如川大、成电、武大、东南大学的比较中，排名较低，给重庆市民带来落差感。
专业衰败感
在理工科强势的背景下，重庆大学能拿得出手的专业可能有限，如土木建筑机械等传统专业，这可能使得高分考生不愿意选择。
形象定位问题
重庆大学可能过于“接地气”，在重庆的录取分数线较低，与外省强势理工211院校相比，在外省可能分数相近，但在重庆却低几十分，影响了生源质量。
以上几点可能是导致重庆大学排名不高的原因。