一本大学有本科二段专业的原因主要有以下几点：
院校合并：
一本大学和专科或者较差的二本大学合并后，原来的一本院校专业依然会在一批次招生，而二本院校的专业则会在二批次招生。这种合并导致师资力量、教学资源等方面的差距，因此需要在招生时进行区分。
专业热度/实力差距：
学校的优势学科、专业以及就业好的专业通常会在一本招生，而相对弱一些、就业差一些的专业会放在二本招生。这种专业之间的差异使得高校在招生时需要将专业分为不同的批次。
主校区和分校区的差异：
有些高校有多个校区，分校区远离主校区，新开设的校区在专业建设、师资力量、硬件设备和资源方面与主校区有一定差距。因此，这些分校区开设的专业在招生时可能会被降批次录取，从而被认为是二本招生。
招生策略：
高校为了保证专业的学生数量，可能会将部分专业放在本科二批招生，以此来吸引更多的学生报名。此外，一些高校在本省知名度较高，在省外知名度一般，因此会在本省进行本一批招生，在省外进行本二批招生。
联合办学：
有些专业是高校与其他学校联合办学开设的，这些专业可能因为合作方的知名度或专业特点而被放在本科二批招生。这类专业通常收费较高，且学生需要仔细选择。
王牌专业与一般专业：
有些一本大学中，只有王牌专业是本科一批招生，而其他实力较弱的专业则是本科二批招生。这种情况在院校升级过程中较为常见，部分原本是二本的专业因为学校整体实力提升而被纳入一本招生，但为了对学生负责，这些专业并未全部升为一本。
综上所述，一本大学有本科二段专业主要是由于院校合并、专业实力差距、主校区与分校区的差异、招生策略、联合办学以及王牌专业与一般专业的区分等原因。这些因素共同导致了同一所大学在招生时会有不同批次的专业设置。