南京最憋屈的大学有以下两所：
河海大学：
河海大学是一所以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的教育部直属全国重点大学。尽管水利专业全国第一，但因为校名被误会为“不入流”院校，导致其名气不如南京大学、南京邮电大学等。
南京农业大学：
南京农业大学是教育部直属的全国重点大学，是211和双一流高校。学校在农业方面的学科实力超强，有4个A类学科，但在综合排名中却在全国四十多名，这与其实力不相符，主要原因是学校是一所农林类院校，在当前经济大发展和互联网新兴的时代，很多考生和家长更倾向于其他热门专业。
这两所大学虽然各有特色和优势，但由于各种原因，在综合排名中的表现并不突出，因此可以被认为是南京最憋屈的大学。