新疆最好的大学排名如下：
新疆大学
简称“新大”，位于新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐市。
是教育部与新疆维吾尔自治区人民政府“部区合建”的综合性全国重点大学。
国家“双一流”建设高校、国家“211工程”建设高校。
石河子大学
位于新疆维吾尔自治区石河子市。
由教育部和新疆生产建设兵团共建，是国家“双一流”建设高校、部省合作共建高校。
新疆医科大学
位于乌鲁木齐市，是新疆唯一一所省部委共建的医学高等院校。
新疆师范大学
是一所师范类综合性大学。
新疆财经大学
是一所财经类公办大学。
新疆农业大学
是一所实力派本科大学，以农科为优势。
塔里木大学
位于新疆维吾尔自治区阿拉尔市，以农科为优势。
伊犁师范大学
是一所师范类综合性大学。
喀什大学
位于喀什地区，是一所综合性大学。
昌吉学院
位于昌吉回族自治州，是一所综合类的公立大学。
以上排名根据最近的信息整理得出，具体情况可能会有所变动，请以官方最新发布的排名信息为准。