二本C类大学的投档原则主要遵循以下几种方式：
顺序志愿投档原则
志愿优先、遵循分数：将控制线上未录取的有志愿考生，结合高校要求，依据高校调档比例，按高考文化总成绩（含政策性加分）从高分到低分排序依次投档，由高校择优录取。
具体过程：分文科类和理科类将省控线上学业水平测试等级符合相关要求的考生按照总分排序，逐个检索每个考生所填报的A、B、C、D、E、F、G、H院校志愿，分别根据院校文理类专业的应投档人数，依据院校学业水平测试等级要求分别进行投档。
平行志愿投档原则
分数优先、遵循志愿、一次投档、不再补档：将控制线上未录取的有志愿考生，结合高校各专业（类）要求，依据高校各专业（类）调档比例，按高考文化总成绩（含政策性加分）从高分到低分排序，遵循考生的志愿顺序依次投档，由高校择优录取。
具体过程：对于艺术类、体育类专业，考生文化成绩和专业成绩均达到划定的最低控制线，按照综合成绩平行志愿模式投档，高校按照招生章程中录取原则录取。综合成绩的计算方法分别为：
体育类：综合成绩 = 专业成绩 ÷ 300 × 100 × 70% + 文化成绩 ÷ 750 × 100 × 30%，最终成绩四舍五入保留3位小数。
艺术类（美术类）：综合成绩 = 专业成绩 ÷ 300 × 100 × 70% + 文化成绩 ÷ 750 × 100 × 30%，最终成绩四舍五入保留3位小数。
征集志愿投档原则
先投放录取线上已征集的考生志愿，若线上征集的考生志愿投放完毕，仍不满额的院校，则依据测算的结果，降低适当的分数段按志愿投放考生档案。降分后投档次序为：先投放原报考生志愿，若仍有缺额院校，再投放征集考生志愿，这样不断地循环往复，直到投满所有院校为止。
这些原则确保了录取过程的公平性和有效性，既考虑了考生的志愿顺序，又兼顾了分数高低，同时提供了征集志愿的机制以处理录取过程中的剩余名额。