南京的二本大学包括以下几所：
南京工程学院：
以工程技术为主攻方向的工科型二本院校，近年来在工程学科方面成绩显著。
南京晓庄学院：
以师范教育为特色，历史悠久，培养了大量优秀教师，是南京市民办教育的佼佼者。
南京信息工程大学：
虽然为民办，但在信息技术领域享有很高声誉，是国家级示范性软件学院。
南京审计大学：
以独特的审计专业在民办大学中独树一帜，毕业生就业率保持高位。
金陵科技学院：
位于南京，是一所以工科为主，多学科协调发展的高校。
南京工业大学：
拥有百年办学历史，是首批“2011计划”的十四所高校之一，优势专业包括化学工程与工艺、计算机科学与技术等。
南京医科大学：
办学历史悠久，是江苏省共建高校和江苏高水平大学建设高校，优势专业有预防医学、临床医学等。
南京师范大学：
由江苏省人民政府和教育部共建，是首批国家“211工程”重点建设高校，优势专业包括汉语言文学、数学等。
南京邮电大学：
在通信、电子信息等领域有较高声誉。
南京林业大学：
以林业、生态、环境科学等为主体的多科性高校。
南京财经大学：
以经济学、管理学为主，是一所财经类高校。
南京中医药大学：
以中医药学科为特色，是一所多科性高校。
江苏警官学院：
江苏省公安政法类本科院校，主校区位于南京市浦口区。
南京体育学院：
以体育学科为主，培养体育人才。
南京工业职业技术大学：
以工科为主，注重职业技能培养。
三江学院：
位于南京，是一所综合性民办高校。
南京传媒学院：
以新闻传播、影视艺术为主，是一所传媒类高校。
南京特殊教育师范学院：
专注于特殊教育和残疾人事业。
南京森林警察学院：
培养森林公安人才。
江苏第二师范学院：
以教师教育为主，是一所公办本科院校。
这些高校中，有些既可以算作一本大学，也可以算作二本大学，具体分类可能因招生批次和各省招生政策而异。建议您在选择学校时，综合考虑自己的兴趣、专业需求和学校的办学实力。