厦门大学是一所全国知名的一本大学，而福建工程学院是一所二本大学。从综合声誉和实力来说，厦门大学属于全国性质的名牌大学，在211和985工程中占据重要地位，且在中国名牌大学排名中表现突出。厦门大学的很多专业都很拔尖，且校园环境优美，设施完善，如宿舍靠海，食堂也很不错。
相比之下，福建工程学院虽然在福建省内有着不错的声誉，是福建省的重点大学，但其专业如土木工程、工程造价、电气工程及其自动化与厦门大学相比还有一定的差距，其他专业在整体上也不如厦门大学占据绝对优势。此外，从录取分数线来看，厦门大学的分数是福建省所有大学中最高的。
因此，从综合实力、知名度、学生素质、教学资源等方面来看，厦门大学明显优于福建工程学院。如果你分数足够高，建议优先考虑报考厦门大学。如果你对特定专业有浓厚兴趣，且福建工程学院在该专业表现也不错，那么福建工程学院也是一个值得考虑的选择。