三本大学的历史可以追溯到2005年，当时中国开始实行一本、二本、三本的分法。在此之前，包括2004年，只有重点本科和一般本科两个分类，而民办本科则是在2005年开始出现，并被归类为三本院校。
三本，即第三批本科，是指本科录取批次和录取顺序排在第三位置的学校，又称为本科三批、三本等。三本院校的招生是根据参加全国统一高考录取的方式进行的。三本与一本和二本都是属于普通高等学校教育系列学校，学制为四年，毕业证书和学位证书是相同的普通高等学校教育证书。
独立学院的概念则起源于1999年，当时普通本科高校依据相关规定，为了贯彻落实教育部八号文件精神，按照新的机制和模式举办的本科层次的二级学院。独立学院主要有以下几种方式：国办院校结合企业资本联合举办、民办大学挂靠改制、国办大学独立兴建。
需要注意的是，三本大学的概念在2014年国务院印发的《关于深化考试招生制度改革的实施意见》中提出了改革方向，即创造条件逐步取消高校招生录取批次。