截至2024年，日本生物工程专业的大学排名如下：
东京大学
东京大学在生物工程专业方面表现卓越，综合实力稳居日本国内第一位，2024QS世界大学学科排名中生物专业位居世界第31名。其生物工程专业分布在工学系研究科、農学生命科学研究科、新领域创成研究科。
京都大学
京都大学同样在生物工程专业上具有很高的声誉，其生物工程专业分布在生命科学研究科、农学研究科中。京都大学生命科学研究科的实力强大，在遗传学、多细胞体、生物与环境等多个生物学分支上都有卓越的表现。
大阪大学
大阪大学作为理工科类的强校，在生物研究方面也有显著成就。其生物工程专业分布在工学研究科、理学研究科、生命機能研究科，特别是其蛋白质研究所已成为全国乃至世界蛋白质科学研究中心。
九州大学
九州大学在生物工程专业方面也有一定的实力，排名较高，适合对生物产品技术开发、工程设计、生产管理及产品性能检测分析等领域感兴趣的学生。
名古屋大学
名古屋大学位于日本爱知县名古屋市，是一所顶尖的研究型国立综合大学。其生物工程专业在生命科学研究科、工学研究科等方面有较好的表现。
东北大学
东北大学位于仙台市青叶区，其生物工程专业在工学研究科等方面有显著成就，特别是在生物工程学、材料系统工程学等领域。
北海道大学
北海道大学创立于1918年，其生物工程专业在自然科学方面非常强势，特别是在农学、林学等领域排名世界TOP50。
筑波大学
筑波大学在生物工程专业方面也有一定的实力，适合对生物技术开发、工程设计等领域感兴趣的学生。
神户大学
神户大学在生物工程专业方面表现不错，适合对生物产品的技术开发、工程设计等领域感兴趣的学生。
德岛大学
德岛大学在生物工程专业方面也有一定的实力，适合对生物产品的技术开发、工程设计等领域感兴趣的学生。
这些排名综合了不同来源的数据，建议申请者在选择学校时，可以综合考虑学校的综合实力、专业排名、研究方向和自身兴趣。