在2000年，中国顶尖大学的排名情况如下：
1. 清华大学位列榜首，综合得分最高。
2. 北京大学紧随其后，排名第二。
3. 南京大学位于第三，但在2020年的信息中提到，自1952年“分家”后，实力开始下降。
4. 合并后的浙江大学在排名中高居第六位，由浙江大学、杭州大学、浙江农业大学和医科大学合并而成。
5. 复旦大学、上海交通大学、中国科学技术大学、南开大学、天津大学和哈尔滨工业大学也是当时排名前十的大学。
6. 中山大学在2000年的排名中并不在前十名之内，但到了2020年已经上升到第10位，王牌专业在语言类和医学类方面都有显著增长。
7. 重庆大学在合并了重庆建筑大学和重庆建筑高等专科学院之后，在第二次985工程评估中成功上榜。
8. 华中科技大学和武汉大学由于国家中部发展战略的推动，发展速度迅猛，成功进入前十榜单，挤掉了发展相对缓慢的南开大学和天津大学。
以上信息提供了2000年中国大学排名的概况，可以看出当时的清华大学和北京大学位于领先位置，浙江大学通过合并迅速崛起，而南京大学和中山大学等高校在经历了一些变动后，排名也有所变化。